La popolazione nativa (Prime nazioni, Inuit, Métis), oggi stimata in più di un milione e mezzo di persone (5% della popolazione del Canada), è stata oggetto di forme diverse di apartheid sia durante il periodo coloniale che dopo l'indipendenza. Le scuole residenziali indiane sono l'esempio più eclatante dell'apartheid sviluppato nelle colonie canadesi dal Regno Unito e dopo il 1931 direttamente dal Governo federale per assimilare la popolazione autoctona alla cultura dominante.
Il 10 maggio 2006 il Governo canadese ha annunciato l'approvazione della Convenzione di risoluzione relativa alle scuole residenziali indiane, che è entrata in vigore il 19 settembre 2007 prevedendo dei risarcimenti e dei servizi di assistenza sociale alle vittime, l'attivazione di una Commissione verità e riconciliazione, un programma di commemorazioni e di iniziative di riconciliazione.
Il 4 giugno 2021 i Relatori speciali delle Nazioni Unite per i diritti umani esortano le autorità canadesi e la Chiesa cattolica a condurre indagini rapide e approfondite sulla scoperta di una fossa comune contenente i resti di oltre duecento bambini presso una "scuola residenziale" della Columbia Britannica per bambini indigeni prelevati con la forza dalle loro case.
Il 9 settembre 2021 il Congresso dei popoli aborigeni presenta istanza al Comitato per i diritti umani delle Nazioni Unite contro il Canada per il protrarsi della discriminazione nei confronti dei nativi che vivono fuori dalle riserve, dei Métis e degli Inuit nonostante la decisione favorevole della Corte suprema.
Il 29 settembre 2021, il giorno prima della Giornata nazionale per la verità e la riconciliazione, la Corte federale respinge il ricorso del Governo canadese contro la sentenza del Tribunale per i diritti umani che nel 2019 lo aveva condannato al risarcimento di 40.000 dollari canadesi ciascuno a circa cinquantamila bambini nativi tolti alle loro famiglie a partire dal 2006.
… “Allo stesso tempo, quelli di noi che vivono, riferiscono e analizzano le catastrofi umane in Palestina non possono sfuggire all’ipocrisia dell’Occidente e possiamo sottolinearla senza sminuire la nostra solidarietà umana e la nostra empatia con le vittime di qualsiasi guerra. Dobbiamo farlo, dal momento che la disonestà morale che sostiene l’agenda ingannevole stabilita dalle élite politiche e dai media occidentali consentirà loro, ancora una volta, di nascondere il proprio razzismo e di godere di impunità, poiché continuerà a fornire immunità a Israele e alla sua oppressione dei palestinesi. “ …
"Ogni nazione che colonizza, ogni civiltà che giustifica la colonizzazione, e dunque l'uso della forza, è da ritenersi una civiltà malata, una civiltà moralmente compromessa, che, irresistibilmente, di conseguenza in conseguenza, di rinuncia in rinuncia, chiama il suo Hitler, voglio dire il proprio castigo."