La popolazione nativa (Prime nazioni, Inuit, Métis), oggi stimata in più di un milione e mezzo di persone (5% della popolazione del Canada), è stata oggetto di forme diverse di apartheid sia durante il periodo coloniale che dopo l'indipendenza. Le scuole residenziali indiane sono l'esempio più eclatante dell'apartheid sviluppato nelle colonie canadesi dal Regno Unito e dopo il 1931 direttamente dal Governo federale per assimilare la popolazione autoctona alla cultura dominante.

Il 10 maggio 2006 il Governo canadese ha annunciato l'approvazione della Convenzione di risoluzione relativa alle scuole residenziali indiane, che è entrata in vigore il 19 settembre 2007 prevedendo dei risarcimenti e dei servizi di assistenza sociale alle vittime, l'attivazione di una Commissione verità e riconciliazione, un programma di commemorazioni e di iniziative di riconciliazione.

L'11 giugno 2008 il Primo ministro Stephen Harper ha poi espresso a nome del Governo le scuse alla popolazione nativa per il ruolo del Canada nel sistema delle scuole residenziali indiane. Nonostante le scuse presentate dal Primo ministro Stephen Harper, il risarcimento medio agli ex alunni ancora in vita è stato limitato a circa 20 mila dollari, il suo ottenimento ha determinato l'impossibilità di agire in tribunale nei casi di aggressioni fisiche o sessuali e la Commissione verità e riconciliazione si è rivolta alla magistratura per ottenere dalle amministrazioni federali tutta la documentazione in loro possesso.

Durante il 2012 il Governo federale ha poi rinnovato l'attacco ai diritti dei nativi con la legge C-38, approvata dal Parlamento canadese il 29 giugno 2012, e con la legge C-45, approvata dal Parlamento canadese il 14 dicembre 2012, che, in aperta violazione dei Trattati, facilitano l'appropriazione delle terre delle riserve per lo sfruttamento delle abbondanti risorse petrolifere con conseguenze disastrose dal punto di vista ambientale.

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