La población nativa (Naciones originarias, Inuit, Métis), hoy calculada sobre de un milión y medio de personas (5% de la población de Cánada), ha sido objeto de formas varias de apartheid y durante el periodo colonial y después de la independencia. Las escuelas residenciales indígenas son el ejemplo más evidente de la apartheid desarrollado en las colonias canadesas de Reino Unido y después del 1931 directamente por el Gobierno Federal para asimilar a la población autóctona a la cultura dominante.
El 10 de mayo de 2006 el Gobierno canadés anunció la aprobación de la Convención de resolución relativa a las escuelas residenciales indígenas que entró en vigor el 19 de septiembre de 2007 previendo reparaciónes y unos servicios de asistencia social a las víctimas, la activación de una Comisión de la verdad y la reconciliación, un programa de conmemoraciones y de iniciativas de reconciliación.
El 11 de junio de 2008 el Primer ministro Stephen Harper expresó a nombre del Gobierno las disculpas a la población nativa por el rol de Canadá en el sistema de las escuelas residenciales indígenas. A pesar de las disculpas entregadas por el Primer ministro Stephen Harper, las reparaciónes medias a los ex alumnos vivos todavía han sido limitadas acerca de 20 miles dolares, su conseguimiento ha determinado la imposibilidad de accionar en tribunal en los casos de agresiones físicas o sexuales y la Comisión de la verdad y la reconciliación se ha dirigido hacia la magistradura para conseguir toda la documentación en posesión de todas las administraciones federales.
Durante el 2012, el Gobierno federal renovó el ataque a los derechos de los nativos con la ley C-38, concordada por el Parlamento canadiense el 29 de junio de 2012, y con la ley C-45, aprobada por el Parlamento canadiense el 14 de diciembre de 2012, que, en abierta violación de los Tratados, facilitan la apropiación de las tierras de la reservas para la explotación de los copiosos recursos petroliferos con consecuencias desastrosas para el ambiente.
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